Su origen se relaciona con uno de tantos pequeños monasterios de carácter familiar que hubo en Castilla durante los siglos altomedievales. En el muro meridional de la nave de la iglesia se conserva una inscripción, grabada con posterioridad a la construcción del templo, es un epitafio de la era de 1238 (año 1200).
Junto a una fuente que brota bajo sus muros, a las afueras del conjunto urbano, la iglesia de San Miguel es un templo románico construido a mediados del siglo XII. Se trata de una iglesia de nave única, cabecera con presbiterio recto y ábside semicircular, construida en sillería de caliza labrada a hacha.
La nave se cubre con estructura de madera, mientras que la cabecera se cubre con bóveda de medio cañón en el presbiterio y bóveda de horno en el ábside. La austeridad del exterior del templo contrasta con una buena ornamentación en el interior, en donde la cabecera se anima por medio de una bella arquería ciega y dos impostas que articulan los muros en varias alturas. En la parte central del ábside, se abre una bella ventana abocinada con arco de medio punto. El resto de los vanos, todos ellos adintelados, son postmedievales. Hacia el exterior, tanto la nave como el ábside se rematan en una cornisa apoyada sobre canecillos tallados con diversos motivos como toneles, cabezas de animales, un músico, una máscara monstruosa y diversos personajes en poses obscenas.
La portada, abierta en el hastial occidental, está formada por un arco de medio punto, que acoge un tosco tímpano, cuatro arquivoltas y una chambrana decorada con triple hilera de billetes. La parte inferior del tímpano, una losa a modo de dintel, contiene un relieve muy tosco representando el “Árbol de la Vida”. Sobre esta pieza se sitúan otras dos, una de ellas con una cruz patada y la otra con un relieve que representa a un guerrero blandiendo una espada contra un león que le ataca.
Los motivos decorativos que aparecen en los canecillos y capiteles del templo, en el que destaca el gusto por los temas obscenos, los animales afrontados y los motivos vegetales, al igual que los de la cercana iglesia de Crespos, son deudores de los talleres cántabros que trabajaron en iglesias cántabras como San Martín de Elines, Cervatos o Santillana del Mar.